抵销权原本也是民法上的权利，但是它在破产程序中的行使，却具有一些不同的特点。民法上的抵销权，要求相互抵销的债务均已到清偿期限，而且通常情况下，相互抵销的债务给付种类、品质是相同的。我国《合同法》第99条1款规定：“当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或合同性质不得抵销的除外”。该法第100条规定：“当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经双方协商一致，也可以抵销”。破产法中抵销权的行使，则无上述限制。因为在破产程序中，附条件的债权可以作为破产债权，未到期的债权一律视为到期，由不同种类、品质标的物形成的债权，也要一律折合为货币形式方能加以清偿，所以，均能在破产程序中进行抵销。但另一方面，民法上的抵销权，对相互抵销的债权债务成立的时间并无限制，而破产法上的抵销权，原则上仅允许破产宣告前成立的债权债务相互抵销，有时间上的严格限制，目的则是为保证抵销权利的正确行使。
破产法上的抵销权比民法上的抵销权，对当事人具有更为重要的意义，在抵销的范围内实际起到担保的作用。在正常的民事活动中，当事人双方均有支付能力，民法上的抵销权主要只是为双方当事人节省结算时间和费用，担保的作用并不明显。而在破产程序中，如无抵销权的设置，破产债权人对破产人享有的债权，因破产人无力清偿，只能得到一定比例的偿还，甚至得不到偿还，但破产债权人对破产人所负的债务，却必须一分不少，全部清偿，利益相差甚大。
破产法上的抵销制度，是破产债权只能依破产程序分配清偿的例外。在破产程序中承认抵销权的理由，“一是抵销制度是为了担负担保性功能，通过行使抵销权，而不根据破产手续就能优先得到清偿;二是如果不允许抵销，就会产生不公平的现象，即：自己欠破产财团的债务，被要求作出全面地履行;与此相对，自己拥有的债权，则作为破产债权，只能受到按比例的平均的分配(清偿)”。相同的当事人之间，同样的债权却处于不平等的清偿地位，有违公平原则。所以，破产法中便设立了抵销权，以保障破产债权人的上述权益，而为双方当事人节省结算时间和费用等考虑，则早已退居于末位。
但也有一些国家的破产法不允许进行破产抵销，如法国及拉美的一些国家。主张禁止破产抵销的观点主要是认为，抵销的作用在于使享有抵销权的债权人实际上达到了担保其债权实现的目的，破产抵销违背了按比例分配债务人财产的原则，因为享有抵销权的债权人通过抵销得到了其债权的充分偿付(在允许抵销的数额范围内)，这使得抵销类似于一种未公开的担保权，对其他债权人而言是不公平的。所以在这些国家，原则上是禁止破产抵销的。我国的破产立法允许进行破产抵销。
抵销权与别除权都是保证债权人优先受偿性质的权利，但从对债权人利益的保护看，抵销权的作用更大一些。在行使别除权时，债权人可能因担保物价款不足等原因，得不到完全清偿。在行使抵销权时，债权人被抵销的债权额可获得全额清偿，没有损失风险。
由于抵销权对破产债权人具有重大利益，为保证权利的正确运用，抵销权的行使应符合一定条件：
第一，破产债权人用于抵销的债权债务均须成立于破产宣告之前，债权应经过申报确认。
第二，尽管在学者间存在不同主张，但通常认为，抵销必须由债权人主动向清算组提出行使，清算组或破产人方面不得主动主张债务抵销。因抵销权作为债权人的一项权利，是可以任由其行使或放弃的，而清算组主动提出抵销，将使破产财产减少，客观上对多数破产债权人不利，与清算组应为全体债权人的共同利益活动的职责不符。 第三，抵销权必须在破产清算分配之前行使，以免延误破产程序进行。而且，抵销权的成立，是以破产债权人尚未清偿对破产人的负债为前提的，如破产债权人已经清偿了对破产人的负债，主张抵销的权利便不再存在了。 第四，附条件的债权进行破产抵销要受到一定的限制。附解除条件的债权可以主张破产抵销，但由于其债权可能因解除条件成就而消灭，所以，应当就债权的抵销数额提供担保，或者按债权的抵销数额提供相应的货币进行提存，以确保其债权因解除条件成就而消灭时，破产管理人能够及时收回这部分财产，对破产债权人进行分配。在破产最终分配期限届满时，附解除条件的债权其解除条件仍未成就的，破产抵销便产生确定性效力，债权人提供的担保或提存予以解除。附停止条件的债权，因其债权尚未生效，一般认为不可以主张破产抵销。
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